全馆共承担文物保护科研课题、项目5项。

（1）江苏省文物局科研课题“博物馆综合影响力评估研究——以扬州中国大运河博物馆和苏州博物馆西馆为例”

以扬州中国大运河博物馆和苏州博物馆西馆为例，着眼于全省、全国的博物馆综合影响力评估研究，着重在对博物馆的文化、经济、行业、社会等多维度、多层面进行客观评估，建立评估指标体系与模型，搭建科学、全面且可持续监测的博物馆综合影响力评估体系。

（2）中国大运河博物馆观众调查

以扬州中国大运河博物馆为调查场所，对博物馆内的观众开展科学分析研究。

（3）江苏省科技厅2022年社会发展重点项目《馆藏大型土遗址文物土体开裂防治方法研究—以扬州中国大运河博物馆馆藏大遗址为例》

从本馆馆藏大型土遗址的保护实际需求出发，以馆藏环境中土体水分单向蒸发后而形成病害的规律为问题导向，以研究保持土遗址土体湿度稳定的技术方法为解决问题的手段，通过原位现场研究结合模拟实验室研究，最终达到稳定土遗址土体湿度且预防开裂、粉化病害的目的。

（4）参与南京博物院合作承担的江苏省文物局科研课题“江苏六朝石刻病害与病害防治关键技术研究”

2022年9月，基于古遗址和彩绘保护江苏省重点文物科研基地，大运河文化研究部与南京博物院文保所共同赴南京栖霞区、江宁区、镇江句容、丹阳两市四地开展江苏境内32处六朝石刻的现场调研工作。

（5）扬州中国大运河博物馆馆藏大型窑址、墓葬等遗址文物保护项目

1号展厅内展出的5件大型遗址类文物，从不同地方搬迁至此，搬迁时由于各种因素，上述遗址文物均被拆分为好几个部分，运输至展厅后再拼接组合而成，目前上述文物均存在不同程度的裂隙病害。研究部对以上5处大型遗址分别开展相关保护修复工作。